L’attuale quadro vegetazionale della Riserva è probabilmente più diversificato rispetto a quello che si presentava un secolo fa, formato da praterie umide (ora praticamente scomparse), canneti e  specchi d’acqua residui occupati da carici ed erbe galleggianti. L’escavazione della torba ha radicalmente alterato il paesaggio vegetale originario, tuttavia, ha avuto il merito di aver contribuito alla realizzazione di un insieme di piccoli ambienti differenti che si intersecano fra loro dando luogo ad un “mosaico ecologico” complesso e di grande valore biologico. Negli ultimi vent’anni purtroppo parte della flora di pregio è scomparsa o diminuita inizialmente a causa dell’inquinamento delle acque a cui successivamente si è aggiunta la presenza di numerose specie di animali alloctone invasive.

Il fattore che influisce maggiormente sugli ambienti presenti nella Riserva è la quantità maggiore o minore di acqua nel suolo e la profondità della stessa nelle zone allagate. In relazione quindi a questo fattore, nella Riserva si riscontrano varie tipologie vegetazionali, così come schematizzato dalla figura.  Queste tipologie vegetazionali danno origine a differenti habitat, otto dei quali risultano protetti dalla Normativa Habitat della Comunità europea.

Come si evince dall’ultima relazione botanica, all’interno della Riserva Naturale Torbiere del Sebino sono state individuate 412 specie di flora vascolare di cui 31 specie di interesse conservazionistico, secondo le normative nazionali e internazionali. Nel territorio della Riserva sono anche presenti 21 specie alloctone, inserite nella Lista Nera (L.R.10/2008), considerate specie alloctone oggetto di monitoraggio, contenimento o eradicazione.